公元9世纪末至10世纪初,即唐末五代初年,伊斯兰教由陆路经中亚传入新疆,迄今已有1000余年的历史。在漫长的传播过程中,伊斯兰教在排斥佛教等其他宗教的同时,又不断地吸收融合这些宗教及维吾尔、哈萨克等民族传统文化成分,逐渐形成具有地域和民族特色的新疆伊斯兰教。伊斯兰教在新疆的传播,大致经历了喀喇汗王朝、察合台汗国和叶尔羌汗国三个主要阶段。迄至明末,伊斯兰教已先后为维吾尔、哈萨克、柯尔克孜、塔吉克、塔塔尔、乌孜别克等6个少数民族所信仰,并取代佛教成为新疆地区占统治地位的宗教。随着回、东乡、撒拉、保安等民族穆斯林陆续迁入新疆,目前新疆地区信仰伊斯兰教的民族已达到10个。1000多年来,伊斯兰教对新疆社会、经济、文化,对信仰伊斯兰教各民族的历史文化、伦理道德、生活方式及风俗习惯都产生了深刻的影响。伊斯兰教传入新疆的年代,迄无定论。目前学术界一般以喀喇汗王朝首领萨图克·布格拉汗接受伊斯兰教为标志。公元891年中亚伊斯兰萨曼王朝王子阿布·纳斯尔·萨曼尼因内争失败,逃到喀什噶尔避难,后在阿图什与萨图克·布格拉汗相识,劝其秘密接受伊斯兰教,并助其暗中发展信徒。910年(一说915年)萨图克·布格拉汗在纳斯尔和中亚伊斯兰教徒帮助下发动政变,夺取政权。萨图克·布格拉汗执政后,利用权力强制推行伊斯兰教,迫使王公大臣和属民改宗。公元955年其子穆萨·阿尔斯兰汗继位,在中亚苏非派传教士的帮助下大力推行伊斯兰教。960年,20万帐突厥人皈依伊斯兰教,同年伊斯兰教被定为喀喇汗王朝国教。962年前后,穆萨发动对于阗李氏王朝的“圣战”。战争持续了近半个世纪,最终以李氏王朝的灭亡宣告结束。从此,伊斯兰教取代佛教,成为塔里木盆地西部、南部地区占统治地位的宗教。由于对高昌回鹘王国的“圣战”失败,伊斯兰教没能越过阿克苏、库车而东传。西辽统治时期,伊斯兰教凭借西辽宗教自由政策,逐渐传入高昌回鹘王国境内。14世纪中叶,察合台汗国的秃黑鲁帖木儿汗接受伊斯兰教,成为新疆地区第一个信奉伊斯兰教的蒙古汗。随后,他在额西丁和卓家族的支持和帮助下,向各地派出大批伊斯兰教传教师,强制人们首先是蒙古人改宗,终使16万蒙古人成为穆斯林。秃黑鲁帖木儿死后,其后裔继续强制推行伊斯兰教。公元1383年黑的儿火者称汗后,即亲自发动对信仰佛教的吐鲁番地区的“圣战”,强迫当地居民改奉伊斯兰教。战争不仅使大批佛教僧侣被杀,该地区悠久灿烂的佛教文化也几被破坏殆尽。继黑的儿火者汗之后,穆罕默德汗更以极其残酷的手段继续在蒙古人中推行伊斯兰教。在他统治时期,新疆地区的察合台蒙古人全部改宗了伊斯兰教。这些穆斯林蒙古人后来被融合于维吾尔族。继吐鲁番之后,新疆最后的一个佛教地区——哈密,在伊斯兰教势力的一再打击下,到16世纪也成了伊斯兰教占优势的地区。至此,伊斯兰教取代佛教,成为新疆地区占统治地位的宗教。1514年,察合台后裔赛德汗结束新疆分裂割据局面,建立了叶尔羌汗国。此时伊斯兰教已成为维吾尔、哈萨克等民族统一信仰的宗教,势力日渐强大。与此同时,世俗政权在封建势力割据的斗争中则遭到严重削弱。为了利用伊斯兰势力以加强和维护自己的统治,叶尔羌汗国实行了“宗教导师制”,即每位汗都请一位有影响的宗教上层人物为自己的宗教导师。导师制的实行使世俗政权进一步削弱,宗教势力得到更大发展。带有政教合一性质的和卓宗教家族势力,就是在这一背景下兴起的。最早在新疆兴起的和卓家族是额西丁和卓家族。该家族以引导秃黑鲁帖木儿皈依伊斯兰教而获得种种政治、经济和宗教特权,但其势力主要在库车和吐鲁番地区,并随察合台汗国的衰亡而趋于衰落。叶尔羌汗国阿布都·拉失德汗统治时期,聘请中亚和卓穆罕默德·谢里甫为宗教导师,该和卓家族继额西丁和卓家族之后在叶尔羌汗国迅速兴起。公元1560年克里木汗继位后,为摆脱该和卓家族的控制,试图另聘中亚纳合西班底教团首领玛合图木·阿杂木和卓之子伊斯哈克,但因该家族的干预而失败。1591年穆罕默德汗执政后,伊斯哈克作为该汗的宗教导师而取得叶尔羌汗国宗教统治权,玛合图木·阿杂木和卓家族开始在新疆兴起。不久,玛合图木·阿杂木的另一支后裔也来到新疆,与伊斯哈克的后裔争夺教权,在斗争中形成势不两立的两派,即“白山派”、“黑山派”。从此,叶尔羌汗国政争与教争交织在一起,愈演愈烈。结果世俗政权受到严重削弱,和卓家族势力日益强大。1680年,白山派首领阿帕克和卓引准噶尔兵侵入南疆,灭叶尔羌汗国,并以“为准噶尔办理回务”为前提,建立起政教合一的白山派和卓政权。在此后的半个多世纪里,双方斗争更为激烈,维吾尔、哈萨克、柯尔克孜等民族的穆斯林,都被卷入了这场斗争,各族人民遭受了巨大的灾难。1755年清朝平定达瓦齐叛乱后,把被准噶尔羁押在伊犁的白山派首领大和卓波罗尼都放回南疆,以利用其影响和平统一新疆。不久,小和卓霍集占潜往南疆,同其兄共同发动叛乱,史称“大小和卓之乱”,历时3年,后被清军平定。此后,白山派和卓后裔又多次发动叛乱,均被迅速平定。在清军和各族人民的共同打击下,和卓家族势力终于退出了新疆历史舞台。伊斯兰教从此才得以回归到正常的发展轨道。新疆伊斯兰教教派有逊尼派、苏非派、什叶派、瓦哈比派、依赫瓦尼、赛来非耶等。逊尼派新疆又称“传统派”,是新疆伊斯兰教中信徒最多、分布最广的教派。该派奉行哈乃裴教法学,在基本信仰、宗教仪规等方面同其他逊尼派一样,但在宗教礼俗上形成了一些自己的特点,如崇敬祖先、朝拜麻札、过努鲁孜节等。苏非派是新疆伊斯兰教第二大教派。该派派系复杂,称谓不一,维吾尔等民族称为依禅派,其支派以教团形式出现,主要有纳合西班底、伊萨尼耶、伊斯哈克耶、契斯提耶、苏合拉瓦底耶、毛莱威耶等;回、东乡等民族称为门宦,主要有虎非耶、哲合林耶、嘎底林耶等。苏非派有严密的组织和严格的教坊制度。各支派互不隶属,修持方式五花八门,繁简不一。由于广泛吸收其他各种宗教及民族传统文化、习俗,因而带有强烈的地域和民族特色,往往被正统伊斯兰教斥为“异端”或“穆什里克”(多神教徒)。什叶派在新疆有两个支派,即十二伊玛目派和伊斯玛仪派(又称“七伊玛目派”)。十二伊玛目派信徒甚少,集中于莎车县城内。该派系近代由阿富汗等国外侨民传入,自传入以来一直隐瞒其什叶派观点,亦不对外发展信徒,本世纪80年代初始公开其信仰。伊斯玛仪派在新疆传布的只是其支派之一尼扎里派在印度的变种霍加派,该派最高首领称“阿迦汗”,被信徒尊为“活主”。塔吉克族所信仰的就是这个教派。瓦哈比派是18世纪产生于沙特阿拉伯的一个教派,产生不久即传入新疆,但信者廖廖,没什么影响。近10多年来又在和田、喀什等南疆地区活跃起来,发展较快。该派坚持严格的一神论,反对朝拜麻扎,主张严格遵从《古兰经》和“圣训”,严禁烟酒、赌博、音乐、舞蹈,故有“清教派”、“尊经派”之称。近年来为适应时代的发展,提倡信徒学科学、学文化。依赫瓦尼派由该派创始人马万福于民国初年传入新疆,信徒多为东乡族、回族,分布于伊犁、乌鲁木齐、昌吉等地。赛莱非耶是从依赫瓦尼分裂出来的一个支派,因主张礼拜时抬三次手又名“三抬派”,主要分布于伊犁、昌吉等地。历史上,新疆伊斯兰教教派斗争从未间断,各族穆斯林深受其害。新中国成立后,各教派摆脱了剥削阶级的控制,按照党的宗教信仰自由政策在相互尊重的基础上各行其事,精诚团结、共同为开发和建设新疆,加强国际友好交往做贡献。